Les pénalités dans les marchés publics : votre guide pour comprendre, appliquer et contester

Situation fréquente : vous êtes titulaire d'un marché de rénovation d'un collège ou d'une piscine municipale. Les travaux prennent du retard à cause de problèmes d'approvisionnement. Le maître d'ouvrage vous notifie l'application de pénalités de retard pour un montant de 15 000 €.

Pouvait-il les appliquer sans vous avoir mis en demeure ? Comment sont calculées ces pénalités ? Pouvez-vous les contester ? Existe-t-il un plafond ?

Les pénalités constituent l'une des sanctions les plus courantes dans l'exécution des marchés publics. Prérogative de l'acheteur public, elles sanctionnent les manquements du titulaire à ses obligations contractuelles. Mais leur mise en œuvre obéit à des règles strictes que maîtres d'ouvrage et entreprises doivent connaître.

Ce guide pratique vous explique tout ce qu'il faut savoir sur les pénalités : leur nature juridique, les conditions de leur application, leur calcul, la procédure à suivre, et les moyens de défense dont dispose le titulaire.

Qu'est-ce qu'une pénalité dans un marché public ?

Une triple fonction : dissuasion, sanction et réparation

Dans un marché public, les pénalités sont des sanctions pécuniaires forfaitaires prévus au contrat pour sanctionner les manquements du titulaire à ses obligations.

Elles remplissent deux fonctions complémentaires :

1. Fonction réparatrice Elles indemnisent forfaitairement le préjudice subi par l'acheteur public du fait de l'inexécution ou de la mauvaise exécution des prestations.

2. Fonction dissuasive Elles incitent le titulaire à respecter scrupuleusement ses engagements contractuels sous peine de sanction financière.

BON À SAVOIR : Les pénalités se distinguent des dommages-intérêts car leur montant est fixé à l'avance dans le contrat, sans que l'acheteur ait à prouver l'étendue réelle de son préjudice.

Une prérogative de puissance publique

Les pénalités illustrent le pouvoir de sanction unilatéral dont dispose l'administration dans les contrats publics. En raison du privilège du préalable, l'acheteur public peut décider seul de leur application, sans avoir besoin de saisir le juge.

Toutefois, ce pouvoir n'est pas discrétionnaire : il doit être exercé dans le respect des clauses contractuelles et de la procédure prévue par les CCAG.

Les conditions d'application des pénalités

Pour qu'une pénalité puisse être appliquée, quatre conditions cumulatives doivent être réunies.

CONDITION N°1 : Une clause contractuelle expresse

Principe fondamental : Les pénalités ne peuvent être appliquées que si elles sont expressément prévues au contrat.

Cette exigence découle du principe de la liberté contractuelle. Les pénalités doivent figurer dans les documents contractuels, généralement :

• Le cahier des clauses administratives particulières (CCAP)
• Par renvoi aux cahiers des clauses administratives générales (CCAG)

POINT DE VIGILANCE : L'absence de clause de pénalité dans le marché interdit à l'acheteur public d'en appliquer, même en cas de manquement grave du titulaire. Il devra alors agir en responsabilité contractuelle devant le juge et prouver l'étendue de son préjudice.

CONDITION N°2 : Un manquement aux obligations contractuelles

Les pénalités sanctionnent la violation de toute clause contractuelle, dès lors que le marché le prévoit. Les CCAG identifient plusieurs catégories de manquements passibles de pénalités.

Les pénalités de retard (les plus fréquentes)

Elles sanctionnent le dépassement des délais d'exécution du marché. Ce sont les pénalités les plus courantes dans les marchés publics de travaux.

Exemple : Votre marché prévoit un délai d'exécution de 6 mois. Vous livrez les travaux avec 20 jours de retard. Des pénalités de retard peuvent être appliquées pour ces 20 jours.

Autres types de pénalités

Les CCAG prévoient d'autres motifs de pénalités :

• Communication tardive de documents nécessaires à l'exécution (article 19.3 dans le CCAG travaux 2021)
• Enlèvement tardif de matériaux (article 37.2 du CCAG travaux)
• Manquements aux obligations de sécurité (particulièrement dans les marchés de travaux)
• Infractions aux stipulations relatives à la sous-traitance
• Indisponibilité dans les marchés de maintenance (CCAG TIC et CCAG FCS)
• Manquements aux obligations environnementales ou d'insertion sociale

CONDITION N°3 : Le respect d'une procédure contradictoire

Depuis le CCAG 2021, l'application de pénalités nécessite obligatoirement le respect d'une procédure contradictoire, sauf dérogation expresse dans le CCAP.

La procédure en 3 étapes

ÉTAPE 1 : Invitation à présenter des observations

Lorsque l'acheteur envisage d'appliquer des pénalités, il doit inviter par écrit le titulaire à présenter ses observations dans un délai de 15 jours.

Cette invitation doit préciser obligatoirement :

• Le montant des pénalités susceptibles d'être appliquées
• Le ou les retards concernés
• Le délai imparti au titulaire pour présenter ses observations (minimum 15 jours)

ÉTAPE 2 : Réponse du titulaire ou silence

Le titulaire dispose de 15 jours pour présenter ses observations et justifier que le retard ne lui est pas imputable (ou n'est pas imputable à ses sous-traitants).

S'il ne répond pas dans ce délai, l'acheteur applique les pénalités.

ÉTAPE 3 : Décision de l'acheteur

Si l'acheteur considère que les observations du titulaire ne démontrent pas que le retard n'est pas imputable à celui-ci, les pénalités sont appliquées.

Les pénalités sont calculées à compter du lendemain du jour où le délai contractuel d'exécution est expiré.

BON À SAVOIR : Cette procédure contradictoire ne constitue pas une mise en demeure au sens classique, puisque les pénalités courent dès la constatation du retard. Le titulaire ne peut pas "rattraper" son retard pour éviter les pénalités.

Exception : la dispense de procédure contradictoire

Le CCAP peut dispenser expressément l'acheteur de cette procédure contradictoire. Dans ce cas, les pénalités s'appliquent automatiquement dès la constatation du manquement.

CONSEIL AUX TITULAIRES : Lisez attentivement votre CCAP pour vérifier si cette dispense est prévue. Si oui, vous n'aurez pas l'opportunité de présenter vos observations avant l'application des pénalités.

Cas particulier : les marchés de travaux avec CCAG

Pour les marchés de travaux faisant référence au CCAG travaux 2021, l'article 19.2.4 précise que c'est le maître d'œuvre qui constate les retards, mais c'est le maître d'ouvrage qui invite le titulaire à présenter ses observations et qui applique les pénalités.

CONDITION N°4 : L'absence de cas exonératoire

Même si toutes les conditions précédentes sont réunies, le titulaire peut être exonéré du paiement des pénalités dans trois hypothèses.

La force majeure

Un événement imprévisible, irrésistible et extérieur aux parties exonère le titulaire des pénalités.

Exemples : catastrophe naturelle, épidémie (sous conditions), guerre, émeutes...

POINT DE VIGILANCE : La charge de la preuve de la force majeure pèse sur le titulaire. Il doit démontrer le caractère imprévisible, irrésistible et extérieur de l'événement.

La faute de l'administration

Si le retard est imputable à une faute de l'acheteur public, le titulaire ne peut être pénalisé.

Exemples :

• Retard dans la remise du terrain ou des plans
• Ordres de service contradictoires
• Non-paiement des acomptes entraînant des difficultés de trésorerie

CONSEIL : Documentez systématiquement par écrit tous les retards imputables au maître d'ouvrage ou au maître d'œuvre (courriers, comptes-rendus de réunion, ordres de service...).

Les sujétions techniques imprévues

Dans les marchés de travaux, les sujétions techniques imprévues (présence d'amiante non détectée, réseaux non répertoriés, nature du sol différente...) peuvent justifier une exonération des pénalités, à condition qu'elles aient effectivement causé le retard.

Comment sont calculées les pénalités ?

Les formules de calcul selon les CCAG

Le montant des pénalités varie selon le type de marché et le CCAG applicable. Voici les principales formules :

CCAG Travaux et CCAG Maîtrise d'œuvre

Formule : P = (V × R) / 3 000

Où :

• P = montant de la pénalité
• V = valeur hors taxes des prestations en retard (montant HT du marché, de la tranche ou du bon de commande)
• R = nombre de jours de retard

Exemple chiffré :

• Marché de 300 000 € HT
• Retard de 45 jours
• Pénalité = (300 000 × 45) / 3 000 = 4 500 € HT

CCAG Fournitures courantes et services (FCS) et CCAG TIC

Formule : P = (V × R) / 1 000

Cette formule est trois fois plus sévère que celle des marchés de travaux.

Exemple chiffré :

• Marché de 100 000 € HT
• Retard de 30 jours
• Pénalité = (100 000 × 30) / 1 000 = 3 000 € HT

CCAG Prestations intellectuelles (PI) et CCAG Marchés industriels (MI)

Formule : P = (V × R) / 3 000

Même formule que pour les marchés de travaux.

BON À SAVOIR : Les samedis, dimanches et jours fériés ou chômés sont inclus dans le calcul des jours de retard (article 19.1.1 du CCAG travaux 2021). Seules les intempéries donnant lieu à indemnisation peuvent être déduites dans les marchés de travaux.

Les garde-fous : seuil d'exonération et plafond

Depuis le CCAG 2021, deux mécanismes protègent le titulaire contre des pénalités excessives.

Le seuil d'exonération : 1 000 € HT

Règle : Le titulaire est exonéré des pénalités dont le montant total ne dépasse pas 1 000 € HT pour l'ensemble du marché (article 19.2.1 du CCAG travaux 2021, article 14.1.3 du CCAG FCS 2021...).

Exemple : Votre retard génère 850 € de pénalités. Vous n'aurez rien à payer.

ATTENTION : Ce seuil s'applique au montant total cumulé des pénalités sur l'ensemble du marché. Si plusieurs retards successifs génèrent au total plus de 1 000 €, l'ensemble des pénalités devient exigible.

Le plafond : 10 % du montant du marché

Règle : Le montant total des pénalités de retard ne peut excéder 10 % du montant total HT du marché, de la tranche considérée ou du bon de commande (article 19.2.2 du CCAG travaux 2021).

Exemple :

• Marché de 500 000 € HT
• Plafond des pénalités = 50 000 € HT
• Même si le calcul théorique donne 65 000 €, seuls 50 000 € seront appliqués

BONNE PRATIQUE POUR LES ACHETEURS : Prévoyez systématiquement ce plafond de 10 % dans vos CCAP, même si vous n'utilisez pas les CCAG. Le juge peut moduler les pénalités excessives.

Le pouvoir de modulation du juge

Le juge administratif peut réduire le montant des pénalités s'il les estime manifestement excessives au regard :

• Du montant total du marché
• Du préjudice réellement subi par l'acheteur
• Des circonstances du retard

(CE, 29 décembre 2008, OPHLM de Puteaux, n° 296930)

Jurisprudence récente (2026) : deux arrêts éclairent l'appréciation du caractère « manifestement excessif » des pénalités, mesuré au regard du ratio pénalités/montant du marché. Une pénalité représentant environ 5 % du marché n'a pas été jugée excessive (CAA Nancy, 2 juillet 2026, n° 22NC02187 — voir notre analyse dédiée) ; à l'inverse, une pénalité atteignant 42,1 % du marché a été jugée manifestement excessive et ramenée à 30 % (CAA Nantes, 4e ch., 10 juillet 2026, n° 25NT01861, commune de Rennes). Dans les deux cas, le titulaire doit produire des éléments de comparaison avec des marchés semblables : la seule affirmation d'une disproportion, ou l'absence de préjudice pour l'acheteur, ne suffit pas.

CONSEIL AUX TITULAIRES : En cas de pénalités que vous estimez disproportionnées, vous pouvez saisir le juge du contrat pour en demander la modération.

La procédure de paiement des pénalités

Le moment du paiement

Le paiement des pénalités intervient à des moments différents selon le type de marché.

Marchés de travaux faisant référence au CCAG

Les pénalités sont déduites :

• Des décomptes mensuels (article 12.2.1 d du CCAG travaux 2021)
• Du décompte définitif

L'émission du titre de recette concernant les pénalités ne peut intervenir qu'après l'établissement du décompte final.

CONSEIL AUX ENTREPRISES : Vérifiez systématiquement vos décomptes mensuels pour identifier les pénalités provisoires appliquées et les contester le cas échéant.

Marchés ne se référant pas au CCAG

Sans obligation de décompte général, les pénalités peuvent être payées :

• Distinctement du décompte final
• Via un protocole transactionnel

(CAA Bordeaux, 2 avril 2015, n° 13BX03428)

Pénalités et TVA

Règle importante : Les pénalités ne sont pas assujetties à la TVA. Elles sont calculées et payées hors taxes.

Le cas des groupements d'entreprises

Dans un groupement d'opérateurs économiques pour lesquels le paiement est effectué sur des comptes séparés, les pénalités sont réparties entre les membres du groupement conformément aux indications données par le mandataire (article 19.1.2 du CCAG travaux 2021).

Dans l'attente de ces indications, les pénalités sont retenues en totalité sur les sommes dues au mandataire.

Les effets de l'application des pénalités

Le paiement des pénalités ne libère pas le titulaire

Principe essentiel : Le paiement de pénalités par le titulaire ne le dispense pas d'exécuter ses obligations contractuelles.

L'entreprise reste tenue d'achever les prestations, même après avoir payé des pénalités de retard.

Le remboursement des pénalités provisoires

Le CCAG travaux 2021 prévoit un mécanisme protecteur pour le titulaire :

Règle : En cas de retard sur un délai partiel prévu au marché, si le délai global est finalement respecté, le maître d'ouvrage rembourse au titulaire les pénalités provisoires appliquées, à condition que le retard partiel n'ait pas eu d'impact sur les autres travaux de l'ouvrage (article 19.2.5 alinéa 2 du CCAG travaux 2021).

Exemple : Le marché prévoit :

• Un délai partiel de 3 mois pour le gros œuvre
• Un délai global de 12 mois pour l'ensemble des travaux

Vous livrez le gros œuvre avec 15 jours de retard (pénalités appliquées), mais vous livrez l'ouvrage complet dans le délai global de 12 mois, et le retard sur le gros œuvre n'a pas perturbé les autres corps d'état. Les pénalités provisoires vous sont remboursées.

Le cumul des pénalités avec d'autres sanctions

Cumul avec la résiliation

L'acheteur public peut cumuler :

• L'application de pénalités
• La résiliation unilatérale du marché pour faute du titulaire

Dans ce cas, le titulaire est redevable des pénalités jusqu'à la date de prise d'effet de la résiliation.

Non-cumul avec les dommages-intérêts

Règle stricte : L'acheteur public qui a appliqué des pénalités ne peut pas intenter en plus une action en dommages-intérêts pour le même manquement (CE, 15 mai 1987, Hôpital rural de Breil-sur-Roya, n° 41974).

Peu importe que les pénalités soient insuffisantes à couvrir le préjudice réellement subi.

Exception : Une action en responsabilité peut être intentée si elle est fondée sur une faute différente de celle à l'origine des pénalités.

Exemple : Des pénalités sont appliquées pour retard de livraison. L'acheteur ne peut demander de dommages-intérêts supplémentaires pour ce même retard. Mais il peut demander des dommages-intérêts pour des malfaçons constatées sur l'ouvrage (faute distincte).

Le pouvoir discrétionnaire de l'acheteur : peut-il renoncer aux pénalités ?

Le principe : la faculté de ne pas appliquer les pénalités

L'acheteur public dispose d'un pouvoir discrétionnaire : il peut décider de ne pas appliquer les pénalités, même lorsque les conditions sont réunies (CE, 15 mars 1999, Commune de Jarnac, n° 190720).

Il peut également accorder des remises sur les pénalités déjà appliquées (CE, 17 mars 2010, Commune d'Issy-les-Moulineaux, n° 308676).

Les recommandations de la DAJ en période de crise

La Direction des Affaires Juridiques (DAJ) a recommandé aux acheteurs publics, notamment pendant la crise sanitaire COVID-19, de :

• Renoncer à l'application des pénalités contractuelles lorsque les difficultés rencontrées sont liées à la pénurie de main-d'œuvre ou aux contaminations
• Aménager les délais d'exécution

BON À SAVOIR : Ces recommandations illustrent la souplesse que peuvent avoir les acheteurs publics face à des circonstances exceptionnelles.

Attention au CCAP

Le pouvoir de renoncer aux pénalités dépend de la rédaction du CCAP :

• Si le CCAP indique que les pénalités "sont appliquées" : application obligatoire
• Si le CCAP indique que les pénalités "peuvent être appliquées" : application facultative

CONSEIL AUX ACHETEURS : Privilégiez une rédaction laissant une marge de manœuvre ("peuvent être appliquées") pour gérer les situations exceptionnelles avec discernement.

Comment contester des pénalités ?

Les moyens de défense du titulaire

Si vous estimez que des pénalités vous sont appliquées à tort, plusieurs arguments peuvent être invoqués.

Absence de prévision contractuelle

Vérifiez que les pénalités sont bien prévues dans le CCAP ou par renvoi aux CCAG. Leur absence rend leur application illégale.

Vice de procédure

Depuis le CCAG 2021, l'acheteur doit respecter la procédure contradictoire (invitation à présenter des observations). Son non-respect peut vicier l'application des pénalités.

ATTENTION : La jurisprudence n'est pas encore fixée sur les conséquences du non-respect de cette procédure. En cas de contentieux, ce moyen devra être soulevé.

Cause exonératoire

Il faut démontrer que le retard est dû par exemple à :

• La force majeure
• Une faute de l'administration
• Des sujétions techniques imprévues

CONSEIL : Il faut constituer un dossier solide avec toutes les preuves (courriers, comptes-rendus, ordres de service, photos, rapports techniques...).

Caractère excessif des pénalités

Il faut demander au juge de modérer les pénalités si elles sont manifestement excessives par rapport :

• Au montant du marché
• Au préjudice réel subi par l'acheteur
• Aux circonstances

La voie contentieuse

Si vous n'obtenez pas satisfaction, vous pouvez saisir si cela est possible contractuellement le juge du contrat pendant l'exécution du marché ou après l'achèvement du marché.

Le recours préalable (réclamation écrite) auprès de l'acheteur est recommandé, voire obligatoire dans certains cas, avant d'engager un contentieux.

En résumé : la check-list opérationnelle

Pour les acheteurs publics (maître d'ouvrage)

Avant d'appliquer des pénalités :

• Vérifiez que les pénalités sont prévues au CCAP ou dans les CCAG
• Constatez objectivement le manquement (retard, malfaçon...)
• Invitez le titulaire à présenter ses observations par écrit (15 jours minimum)
• Précisez le montant, les retards concernés et le délai de réponse
• Examinez les observations du titulaire de bonne foi
• Vérifiez l'absence de cause exonératoire (force majeure, faute de l'administration)
• Respectez le seuil d'exonération (1 000 € HT) et le plafond (10 %)

BONNE PRATIQUE : Documentez chaque étape de la procédure pour pouvoir justifier vos décisions en cas de contentieux.

Pour les titulaires (entreprises)

Si vous recevez une notification de pénalités :

• Vérifiez que les pénalités sont bien prévues au contrat
• Vérifiez que la procédure contradictoire a été respectée
• Répondez dans les 15 jours à l'invitation à présenter vos observations
• Démontrez, si possible, que le retard ne vous est pas imputable
• Invoquez toute cause exonératoire (force majeure, faute du maître d'ouvrage...)
• Conservez tous les documents prouvant les causes du retard
• Vérifiez le calcul des pénalités et l'application du plafond
• Contestez les pénalités excessives

CONSEIL : Ne laissez pas passer le délai de 15 jours pour présenter vos observations. Passé ce délai, les pénalités seront appliquées d'office.

Points de vigilance communs

• Les samedis, dimanches et jours fériés sont comptés dans les jours de retard
• Les pénalités ne sont pas soumises à la TVA
• Le paiement des pénalités ne dispense pas d'exécuter le marché
• Les pénalités et dommages-intérêts pour le même manquement ne se cumulent pas
• Le juge peut modérer les pénalités excessives

Conclusion : les pénalités, un équilibre à trouver entre sanction et équité

Les pénalités constituent un outil essentiel de régulation de l'exécution des marchés publics. Elles garantissent le respect des délais et des obligations contractuelles tout en indemnisant forfaitairement l'acheteur public.

Mais leur application doit être équilibrée :

• Pour l'acheteur : exercer son pouvoir avec discernement, en tenant compte des circonstances réelles
• Pour le titulaire : respecter ses engagements et, en cas de difficulté, alerter rapidement le maître d'ouvrage

Les évolutions du CCAG 2021 (procédure contradictoire, harmonisation du seuil et du plafond) témoignent d'une volonté de renforcer le dialogue et de protéger le titulaire contre des sanctions arbitraires ou excessives.

Vous êtes confronté à un litige sur des pénalités ?

Que vous soyez acheteur public ou entreprise titulaire, les enjeux financiers et juridiques liés aux pénalités peuvent être considérables :

• Montants élevés mettant en péril la rentabilité du marché
• Risques contentieux
• Nécessité d'une défense technique solide

Le cabinet NOVLAW Avocats, spécialisé en droit de la commande publique, vous accompagne dans :

• L'analyse de la légalité des pénalités appliquées
• La rédaction de vos observations et réclamations
• La négociation d'un protocole transactionnel
• La représentation devant le juge administratif
• La rédaction de clauses de pénalités équilibrées dans vos marchés

N'attendez pas que le contentieux s'enlise. Une intervention rapide permet souvent de trouver une solution amiable.