Nombre de projets ayant une incidence sur l’environnement se heurtent à la réglementation mise en œuvre pour la protection des espèces.

En effet, la France compte plus de 7200 espèces protégées (d’après l’Office français de la biodiversité).

L’obtention d’une dérogation peut s’avérer nécessaire à la réalisation d’un projet.

Toutefois, cette dérogation n’est pas aisée à obtenir puisqu’elle fait l’objet d’un dispositif d’encadrement très strict.

Ce ne sont pas exclusivement les espèces animales qui bénéficient d’une protection.

L’article L. 411-1 du Code de l’environnement protège les espèces animales non domestiques et les espèces végétales non cultivées, dès lors qu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel le justifient.

Les habitats naturels et les sites d’intérêt géologique bénéficient également de cette protection.

C’est donc une protection relativement large qui s’applique.

Divers arrêtés interministériels dressent la liste des espèces bénéficiaires de la protection organisée par l’article L. 411-1 du Code de l’environnement.

Lorsqu’est mise en œuvre une protection au bénéficie d’une espèce, s’applique une série d’interdictions :

• La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ;

• La destruction, la coupe, la mutilation, l’arrachage, la cueillette ou l’enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat, la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ;

• La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces ;

• La destruction, l’altération ou la dégradation des sites d’intérêt géologique, notamment les cavités souterraines naturelles ou artificielles, ainsi que le prélèvement, la destruction ou la dégradation de fossiles, minéraux et concrétions présents sur ces sites ;

• La pose de poteaux téléphoniques et de poteaux de filets paravalanches et anti-éboulement creux et non bouchés.

Chaque arrêté qui liste des espèces protégées doit prévoir la durée, les modalités de mise en œuvre et le territoire couvert par ces interdictions.

Il peut également être précisé les périodes de l’année au cours desquelles ces interdictions s’appliquent.

Les textes sont silencieux sur le seuil d’application à partir duquel l’obtention d’une dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées est nécessaire.

Le Conseil d’État est venu y remédier dans un avis contentieux (n° 463563) du 9 décembre 2022.

Il a ainsi expliqué que le système de protection organisé par le Code de l’environnement s’appliquait dès qu’un spécimen d’une espèce concernée est présent sur la zone du projet.

Ainsi, il n’y a lieu de tenir compte ni du nombre de spécimens constatés ni de l’état de conservation de la ou des espèces présentes.

Une dérogation doit être obtenue à partir du moment où le projet comporte « un risque suffisamment caractérisé » pour la ou les espèces protégées présentes.

Le Conseil d’État a notamment précisé, sur ce dernier point, que dans l’hypothèse où les mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces proposées par le pétitionnaire (c’est-à-dire le porteur du permis de construire) présentent des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il n’apparaisse comme pas suffisamment caractérisé, il n’est alors pas nécessaire d’obtenir une dérogation « espèces protégées » pour réaliser le projet.

En d’autres termes, si les mesures d’évitement et de réduction apparaissent suffisantes pour maîtriser le risque, la dérogation « espèces protégées » n’est plus indispensable.

Il est important de noter que ces mesures d’évitement et de réduction sont soumises au contrôle de l’administration.

Lorsque le projet requiert l’obtention d’une dérogation, elle doit être sollicitée auprès du préfet territorialement compétent, sauf exception.

Le délai d’instruction d’une demande de dérogation est de 4 mois.

Passé ce délai, l’absence de réponse équivaut à une décision de refus.

Précisons que si le projet entre dans le champ d’application de l’autorisation environnementale unique, la demande de dérogation est comprise au sein du dossier de demande.

Cela signifie que l’obtention de l’autorisation environnementale emporte obtention de la dérogation « espèce protégée ».

Une vigilance particulière doit être observée par les porteurs de projet qui ont bénéficié d’une dérogation et dont l’activité, l’installation, l’ouvrage ou les travaux connaît une modification substantielle, que ce soit avant la réalisation du projet ou en cours de mise en œuvre ou d’exploitation.

L’article R. 411-10-1 du Code de l’environnement impose dans ce cas qu’une nouvelle demande de dérogation soit déposée.

Présente un caractère substantiel la modification qui :

• Constitue une extension de l’activité, l’installation, l’ouvrage ou des travaux devant faire l’objet d’une évaluation environnementale ;

• Ou atteint des seuils quantitatifs et répond à des critères fixés par arrêté du ministre chargé de l’environnement ;

• Ou est de nature à entraîner des dangers et inconvénients significatifs pour les intérêts mentionnés à l’article L. 411-1 du Code de l’environnement.

Une modification non-substantielle doit seulement être portée à la connaissance de l’autorité administrative compétente (souvent le Préfet), qui pourra imposer des prescriptions spécifiques.

Pour que la dérogation soit accordée, le projet doit répondre à 3 conditions cumulatives (CE, 24 juillet 2019, n° 414353).

Premièrement, il ne doit pas exister de solution alternative satisfaisante permettant de réaliser le projet sans porter atteinte à l’espèce protégée.

La solution doit pouvoir être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle et aux frais du porteur de projet.

Deuxièmement, la dérogation ne doit pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle.

Le juge a eu l’occasion de préciser la façon selon laquelle cette condition doit être appréciée (CE, 28 décembre 2022, n° 449658).

L’autorité administrative doit d’abord déterminer l’état de conservation des espèces concernées par la dérogation.

Puis, elle doit déterminer les impacts géographiques et démographiques que la dérogation envisagée est susceptible de produire sur cet état de conservation.

Troisièmement, la dérogation doit être justifiée par l’un des 5 motifs limitativement énumérés par le 4° de l’article L. 411-2 du Code de l’environnement :

• 1/ L’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ;

• 2/ La prévention des dommages importants, notamment aux cultures, à l’élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d’autres formes de propriété ;

• 3/ L’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ;

• 4/ À des fins de recherche et d’éducation, de repeuplement et de réintroduction de ces espèces et pour des opérations de reproduction nécessaires à ces fins, y compris la propagation artificielle des plantes ;

• 5/ Permettre, dans des conditions strictement contrôlées, d’une manière sélective et dans une mesure limitée, la prise ou détention d’un nombre limité et spécifié de certains spécimens.

Il est important de noter que la plupart des dérogations « espèce protégée » sont sollicitées au nom d’une « raison impérative d’intérêt public majeur ».

Le refus du préfet de délivrer une dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées peut être contesté devant le Tribunal administratif dans un délai de 2 mois suivant la notification de ce refus.

Cela s’applique également aux refus d’autorisation environnementale unique, fondés sur l’absence ou le refus de la dérogation « espèce protégée ».

En tant que tiers à un projet, il est possible de demander au préfet qu’il mette en demeure le porteur de projet de déposer une demande de dérogation « espèce protégée », lorsque son projet a été autorisé sans qu’il ne donne lieu à une telle demande.

Le refus exprès ou implicite du préfet de mettre en demeure le porteur de projet peut être contesté devant le juge administratif dans un délai de 2 mois.

Il convient à ce titre de pouvoir démontrer que le projet aurait dû faire l’objet d’une demande de dérogation.

Autrement dit, le requérant doit démontrer la présence d’au moins une espèce protégée sur le site du projet et un risque suffisamment caractérisé pour cette espèce.

Par ailleurs, il est également possible de contester en lui-même l’arrêté accordant une dérogation « espèce protégée » à un porteur de projet, dans les 2 mois suivant sa publication.

Il convient en toutes hypothèses de pouvoir justifier devant le juge d’un intérêt à agir.

Selon l’imminence de réalisation du projet, un référé pourra également s’avérer pertinent