C’est un angle mort que le Conseil d’État est venu combler par une décision n° 494931 du 16 décembre 2025 : l’autorité administrative est en droit d’exiger, à tout moment, de l’exploitant d’une installation classée pour la protection de l’environnement (ICPE) qu’il dépose une demande de dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées.

Une telle solution se justifie par l’objet même du dispositif de protection des espèces protégées qui impose de prévenir les atteintes aux espèces concernées à tout stade de l’exploitation d’une ICPE.

Défini aux articles L. 411-1 et suivants du Code de l’environnement, ce régime de protection des espèces animales et végétales interdit qu’il soit porté atteinte aux espèces concernées.

Cette interdiction s’applique dès lors qu’un projet, quel qu’il soit, comporte un risque suffisamment caractérisé pour la ou les espèces présentes sur le site du projet.

L’interdiction prévaut à partir du moment où un spécimen d’une espèce concernée est présent sur le site, sans qu’il n’y ait lieu de tenir compte ni du nombre de spécimens repérés, ni de l’état de conservation de la ou de ou des espèces présentes.

Une dérogation à cette interdiction peut néanmoins être obtenue auprès du préfet territorialement compétent.

Il doit être précisé que pour les ICPE, l’autorisation environnementale unique peut comprendre la dérogation espèces protégées.

Pour que la dérogation soit accordée, le projet doit répondre à 3 conditions cumulatives (CE, 24 juillet 2019, n° 414353) :

• Absence de solution alternative suffisante permettant de réaliser le projet sans porter atteinte aux espèces protégées ;
• La dérogation ne doit pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle ;
• La dérogation doit être justifiée par l’un des 5 motifs limitativement énumérés par le 4° de l’article L. 411-2 du Code de l’environnement, parmi lesquels l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur.

Pour en savoir plus sur la dérogation espèce protégée et sur la raison impérative d’intérêt public majeur, voir nos articles : La dérogation espèce protégée et La raison impérative d’intérêt public majeur

Dans l’affaire ici commentée, le préfet du département de la Côte-d’Or avait délivré en 2016 une autorisation d’exploiter un parc éolien au titre des ICPE à une société.

Contesté par une association, cet arrêté avait été annulé par le Tribunal administratif de Dijon avant d’être régularisé par une autorisation modificative que la Cour administrative d’appel de Lyon avait validée, en rejetant finalement le recours introduit par l’association.

Toutefois, cette autorisation d’exploitation ne comprenait pas de demande de dérogation à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées.

Dans ces conditions, cette même association a demandé au préfet de la Côte-d’Or, qu’il mettre la société pétitionnaire en demeure de déposer une demande de dérogation.

Face au refus du préfet de faire droit à une telle demande, l’association a saisi le juge administratif afin qu’il annule ce refus.

Il est important de préciser que la société, certes titulaire d’une autorisation ICPE, n’avait pas démarré les travaux de construction de son parc éolien.

C’est dans ce contexte que le Conseil d’État se trouvait saisi en cassation de l’arrêt par lequel la Cour administrative d’appel de Lyon a rejeté la demande de l’association tendant à l’annulation du refus du préfet de mettre en demeure la société pétitionnaire de déposer une demande de dérogation.

Pour rejeter la demande de l’association, la Cour administrative d’appel de Lyon avait considéré que le parc éolien, certes autorisé, n’avait pas été mis en service, ni même construit ce qui faisait obstacle à ce que le préfet puisse mettre en demeure l’exploitant de déposer une demande de dérogation espèces protégées.

En effet, en l’état du droit, il semblait que la demande de dérogation espèces protégées pouvaient être exigées à deux moments précis :

• Soit au cours de l’instruction de la demande d’autorisation environnementale pour une ICPE, jusqu’à ce que celle-ci soit délivrée (ou refusée) ;
• Soit au cours de la mise en œuvre de l’autorisation, c’est-à-dire au stade des travaux et de l’exploitation du site construit.

Restait donc indéterminé le cas de l’autorisation environnementale qui a été délivrée mais dont la mise en œuvre (travaux et exploitation) n’a pas débuté.

Comme exposé, pour la CAA de Lyon, il n’était pas légalement possible pour le préfet d’exiger du pétitionnaire qu’il dépose une demande de dérogation espèce protégée durant ce temps intermédiaire.

C’est ce raisonnement que le Conseil d’État sanctionne comme étant entaché d’erreur de droit.

En effet, il serait contraire à la logique préventive du régime de protection des espèces d’attendre le début des travaux ou la mise en service de l’installation pour exiger de l’exploitant, dont l’autorisation environnementale s’est révélée incomplète, qu’il dépose une demande de dérogation espèces protégées.

Au stade de l’exécution des travaux ou de la mise en service, il peut être trop tard pour se poser la question de savoir si les risques présentés par l’installation sur certaines espèces ont été suffisamment pris en compte.

Ainsi, dans sa décision, le Conseil d’État commence par rappeler que « dans le cas où une installation classée pour la protection de l’environnement est exploitée sans avoir fait l’objet d’une dérogation  » espèces protégées « , alors que son fonctionnement présente pour de telles espèces un risque suffisamment caractérisé, il appartient au préfet, de sa propre initiative ou à la demande d’un tiers, de mettre en œuvre les pouvoirs qu’il tient de l’article L. 171-7 du code de l’environnement, en mettant en demeure l’exploitant de l’installation en cause de régulariser sa situation par le dépôt de la demande de dérogation requise au titre de l’article L. 411-2 du même code dans un délai déterminé et, le cas échéant, en édictant des mesures conservatoires jusqu’à ce qu’il ait été statué sur cette demande ».

Est ici visé le cas d’une demande de dérogation espèce protégée en cours d’exploitation de l’ICPE.

Le Conseil d’État transpose ensuite cette logique au cas de l’installation dont les travaux ou la mise en service n’ont pas débuté : « Eu égard à l’objectif du régime de protection des espèces, qui consiste à prévenir les atteintes aux espèces concernées, la règle mentionnée au point précédent trouve également à s’appliquer lorsque l’installation autorisée n’est pas encore exploitée, ou même lorsque ses travaux de construction n’ont pas encore débuté, si des circonstances de fait nouvelles font apparaître que ces travaux ou le fonctionnement de cette installation seront susceptibles de présenter pour les espèces protégées un risque suffisamment caractérisé. »

La Haute Juridiction ajoute néanmoins une condition : des circonstances de fait nouvelles doivent faire apparaître que les travaux ou le fonctionnement de l’installation sont susceptibles de présenter un risque suffisamment caractérisé pour les espèces protégés repérées sur le site.

Par conséquent, le préfet est en droit de mettre en demeure l’exploitant d’une ICPE dont les travaux ou la mise en service n’ont pas encore débuté de déposer une demande de dérogation espèces protégées, dès lors que des circonstances de fait nouvelles font apparaître un risque suffisamment caractérisé pour ces espèces.

C’est donc bel et bien à tout moment que peut être exigé le dépôt d’une demande de dérogation espèces protégées.